Всё-таки установил Manjaro KDE вместо XFCE. Но в KDE при нажатии на значки приложений свёрнутых в трее левой кнопкой мыши появляется контекстное меню, хотя ожидаешь, что должно появится окно приложения. Но не все приложения так себя ведут, вот допустим Telegram — открывает окно, а Discord — появляется контекстное меню.

Раньше я пользовался manjaro 17 kde (теперь 18) и проблем с треем телеграмма небыло, я обновился и теперь он (трей телеграмма) не работает (просто не отображаеться), при этом трей всех остальных приложений работает (например jetbrains toolbox), но если запустить телеграм из под root, все работает.

В чем может быть проблема, и как ее можно исправить?

Команда --startintray
Пример для telegram
telegram-desktop --startintray
Проверил в LXDE и добавил в автозапуск. По аналогии должно получится с любым приложением взаимодействующим с треем. Да и не только в LXDE,XFCE проверить сейчас негде.