После долгой работы ноута, все приложения начинают массовую истерию, что не хватает прав и нет доступа к файлам конфигурации. Перезагрузка решает эту проблему. Как решить такую проблему?

Не адекватно! Такое не допутимо. По крайней мере в моём понимании.
В OpenSUSE даже через sudo говорило нельзя, только su, потом fdisk. Во всех остальных линуксах, которые встречал fdisk без sudo баже не заводился.

Upd. Пользователь состоит в Читать дальше