Ядро 4.9
После каждого выключения в лог валились сообщения:

manjaro kernel: ata1: exception Emask 0x40 SAct 0x0 SErr 0xc0800 action 0x7
manjaro kernel: ata1: SError: { HostInt CommWake 10B8B }

Излазил весь инет, помучал smartctl, толку не было.

Как ни странно, помогло удаление опции noatime в fstab у "/" и "/home". Какого лешего не знаю, но ошибки пропали)

Если кто может подсказать взаимосвязь, буду благодарен.

Переношу статью к нам, мало ли что)
hdparm — утилита командной строки для Unix-подобных операционных систем. Утилита предназначена для регулировки и просмотра параметров жестких дисков с интерфейсом ATA. Утилита может установить такие параметры как Читать дальше